Todavía no he tenido la oportunidad de probar la técnica de overrides en J1.6. Lo que sí parece es que ya no es posible hacerlo como se hacía en la 1.5, que es el método que has intentando ¿no?. En joomla 1.6 parece que se hace de la forma que explica el enlace que te puse en mi mensaje anterior.
La sustitución de archivos del core NO ES ACONSEJABLE, en cuanto salga una actualización joomla puede "machacar" los archivos por la versión correspondiente de la actualización y por lo tanto perderías los cambios. Por otra parte tener Joomla desactualizado no es aconsejable.
La semana que viene espero poder publicar un artículo sobre un hack que se le puede hacer a Joomla 1.6.0 para concienciar la importancia de actualizar.
