Hola Lancero yo habitualmente lo hago con el editor JCE y le inserto el link con la URL y nunca me ha dado fallo.
Primero subo el artículo en PDF a la carpeta de la WEB donde tengo los articulos, luego selecciono el texto que quiero que sirve de link, se abre la ventana correspondiente, busco el enlace hasta el lugar donde está guardado el artículo y actualizo.
Nunca me ha dado problemas. El PDF se puede descargar desde la WEB mediante el link y se queda normalmente en descargas.
Espero haberte ayudado.