Buenos días, fundimur. Yo tengo un sitio web hecho con Joomla 2.5.6 y VirtueMart 2.0.5.
www.herbolarilaneu.com
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En principio, deberías instalar la plantilla en Joomla! y comprobar, mediante cualquier otro componente, que te funciona correctamente. Luego, en Configuración -> Plantillas indicas que utilice 'Usar JOOMLA por defecto', y desactivas 'Usar el CSS de Virtuemart'.
Comenta qué tal te va.