Me autorespondo.
No será la mejor solución, pero es algo raro, cuando voy a acceder a realizar algún cambio en el módulo del nivoslider, posteiormente no funciona, el slider se ve en todas las páginas, pero después de un tiempo, no lo se exactamente, vuelve a como está configurado.
Lo he hecho dos veces y las dos lo he comprobado, espero que a alguien más le sirva.
Saludos!