Hola AlejandroU,
Es posible hacer una protección con usuario y contraseña a determinadas carpetas, en este caso esta protegida la carpeta Administrator. Si tu proveedor de hosting utiliza CPanel me consta que tiene una opción y me imagino que los que utilizan Plesk, o otro parecido, tendrá algo similar. Si estas trabajando directamente con tu propio servidor Apache, si no estoy equivocado, se puede configurar para proteger las carpetas que desees.
Me has dado una buena idea para un artículo del blog. Lo anoto a mi lista de temas.