En tu dominio puedes tener una carpeta para cada Joomla que quieres instalar, por ejemplo /joomla1 y /joomla2 . Despues la BD puedes optar por tener bases de datos independientes la una de la otra (si tu hosting trae varias) o si solo tienes una BD puedes usar sufijos de tablas distintos a la hora de instalar como jos1_ y jos2_
