Si, hay una alternativa, pero es de pago. Es el Multisites Search for joomla 1.5 and 1.6 (http://www.jms2win.com/download?page=shop.product_details&flypage=flypage.tpl&product_id=40&category_id=1). Su precio es de 20 € pero creo que te merece la pena si realmente necesitas buscar en varias instancias Joomla al mismo tiempo.
un saludo,
