Llevo tiempo trabajando con Joomla y centros educativos, pero nunca hemos implementado componentes de los que comentas. En CLMancha, la gestión académica se sigue con aplicación externa a la web del centro.
No conozco extensiones para tal fin, pero se podría con un wrapper añadir la aplicación de un paisano: http://siestta.org/
Donde si vas a encontrar un excelente recurso es con Drupal. Con videotutoriales de como montarte una web para el seguimiento de los alumnos: http://www.illasaron.com/html/modules.php?name=News&file=article&sid=5179
